Las cuencas son territorios que proveen una variedad de servicios ambientales, sociales y económicos. El territorio de la cuenca es un unidad para la gestión de varios de estos servicios que son dependientes entre si. La adecuada coordinación de los aspectos económicos vinculadas a tales servicios es esencial: Subsidios de diferente tipo, cobranzas por contaminación, asignación de concesiones o derechos de agua, mercados de agua, gestión de servicios de agua potable y saneamiento, hidroenergía, navegación, recreación y otros, programas de recuperación de inversiones en obras hidráulicas mayores y otra serie de aspectos vinculados a instrumentos, cobros, finanzas, asignación de costos y beneficios, valoración de servicios ambientales y de uso de recursos naturales, conservación de parques naturales, recuperación de inversiones, seguros por desastres, obligan a que una entidad de cuencas disponga de un sólido departamento contable para saber cuanta riqueza genera una cuenca y sus recursos, (y como se valora tal riqueza) bajo los diferentes sistemas de explotación y como conservarla.
Con esa información una entidad de cuencas debe tener una mínima capacidad de autofinanciarse independientemente de que reciban o no financiamiento externo. Es obviamente vital que las organizaciones de GIRH por cuenca dispongan de fondos para realizar sus trabajos cualquiera sea su origen pero cuantos más fondos se generan por los propios usuarios mas compromiso adquieren con el cumplimiento de los objetivos de las actividades que están financiando. El compromiso local en financiar actividades es un indicador del éxito de la participación de los actores y del entendimiento de la importancia del tema.
Estas organizaciones al manejar dinero deben ser sujetos a recibir auditorías externas e independientes y de informar públicamente los resultados de las mismas: Los resultados logrados en los diferentes periodos de gestión y manifestados por las organizaciones de cuencas deben ser verificados por sistemas externos de evaluación y auditoria. Este trabajo debe ser realizado por entidades externas, independientes y con credibilidad. Las propias agencias deben en principio hacer esta evaluación y las auditorías externas se hacen para verificar lo indicado. Los resultados de ambos trabajos deben ser de libre acceso y gratuitos, de ser posible en formato electrónico. Ello debe incluir el balance económico de la gestión.
